序一序二自序跋凡例太极图（图缺）命门水火图（图缺）五气图（图缺）卷之一医论命门水火图说五气图说论膀胱者州都之官津液藏焉气化则能出矣论补脾补肾治血贵静广嗣方论论诸痿胃气当察辨利痢脉病之殊治病求本驳诸家痨
凌门传授铜人指穴
仁斋直指方论
凡例上卷小儿初受气论受胎论小儿形证歌颅囟要略择乳母论慎护论护持歌调理五法长寿无病歌寿夭歌杂病证候歌一见生死歌恶症十五候通真子诊脉歌诊脉歌诊脉快捷方式歌五经统论变蒸赋变蒸日例看三关证经诀入门辩症歌相手指
简介自序集之一·初生门集之二·肝脏部集之三·心脏部一集之四·心脏部二集之五·心脏部三集之六·心脏部四集之七·脾脏部（上）集之八·脾脏部（下）卷之九·肺脏部·肾脏部
孙真人《千金方》论王唯一《明堂铜人灸经》量同身寸法第一正坐伸臂法第二揣骨定穴高下法第三定穴相去远近法第四钩股按穴取平法第五参验求穴法第六坐点坐灸法第七石用之取穴别法第八叶潘等取穴别法第九灸讫补养法第十
第一类植物类食疗方萝卜粥小麦粥马齿菜粥葛粉羹荆芥粥麻子粥恶实菜莲子粥鸡头粥葵菜羹生地黄粥生地黄粥酸枣粥桃仁粥椒面羹荜茇粥良姜粥吴茱萸粥炒黄面第二类动物类食疗方乳饼面生地黄鸡羊密膏羊脏羹羊骨粥羊脊骨羹白
《汤液本草》序一《汤液本草》序二《汤液本草》后序卷之一五脏苦欲补泻药味脏腑泻火药东垣先生药类法象用药法象药性要旨气味浓薄寒热阴阳升降图（缺）升降者天地之气交用药升降浮沉补泻法五味所用药类法象标本阴阳论
《雷公炮炙论》序上卷朱砂云母钟乳白矾硝石芒硝滑石曾青太一禹余粮黄石脂黄精菖蒲人参天门冬甘草干地黄菟丝子牛膝葳蕤防葵柴胡独活升麻车前草木香薯蓣薏苡仁泽泻远志龙胆细辛石斛巴戟天黄连络石蒺藜子黄肉苁蓉蒲黄续
六因条辨卷上春温辩论春温条辨三十条论伤暑中暑中热辨误伤暑条辨二十六条中暑条辨十一条中热条辨八条六因条辨卷中伏暑辨论伏暑条辨二十八条秋燥辨论秋燥条辨十一条冬温温毒条论冬温条辨十条温毒条辨四条六因条辨卷下