自叙卷上·经络脏腑无气存亡论躯壳经络脏腑论表里上下论阴阳升降论治病必分经络脏腑论治病不必分经络脏腑论肾藏精论一脏一腑先绝论君火相火论卷上·脉诊脉决死生论症脉轻重论脉症与病相反论卷上·病中风论臌膈论寒热
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金匮方歌括
尚论篇
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
前序卷上经候不调经漏不止经闭不行带下血分水分小便出血热入血室师尼寡妇寒热历节痛风（即白虎历节风）流注瘰乳痈乳岩血风疮疮阴疮（交接出血、阴挺、阴痒、阴虫附）附方并注卷下保胎小产保产子死腹中胎衣不出交骨不
卷一医经(一)卷二医经（二）卷三医经（三）卷四医经（四）卷五医经（五）卷六医经(六)卷七医经（七）卷八医经（八）卷九本草（一）卷十本草（二）卷十一本草（三）卷十二本草（四）卷十三本草（五）卷十四本草（
叙例言上卷人身阴阳五脏所生五脏所属五脏所藏五脏所主脏腑所合脏腑之官五藏九窍男女天癸血气所生营卫生会六经六气经气主治十二经脉冲任督带下卷全体总论五脏所伤五脏所恶脏腑为病诸病所属四时所病脏腑通治望形察色闻
重刻《海上方》序暑月伤热伤寒咳嗽鱼脐疮口疮产难（一）妇人口干眼中流泪小便不快大便不快鼻中出血牙疼（一）远年咳嗽刺毒肿痛刀伤出血小儿骨痛水泻疮（一）痼冷蝇子入肠蚊虱破伤风急伤寒蛇伤犬伤心头疼龟病内瘴骨头
凡例上编上编卷一·补剂温中人参黄当归白术龙眼大枣荔枝饴糖鸡肉牛肉鲫鱼蜜平补葳蕤黄精甘草桑寄生柏子仁冬青合欢陈仓米山药扁豆鸭肉鸽肉阿胶羊肉燕窝蜡补火附子仙茅胡芦巴淫羊藿蛇床子远志肉桂沉香石硫黄阳起石石钟